Chiến tranh giữa nhà Trần với Chiêm Thành chấm dứt. Sau nhiều năm giao tranh, cả hai bên đều bị tổn thất nặng nề. Cùng với cuộc chiến tranh với Chiêm Thành, các cuộc nổi loạn trong nước, nạn đói, thay đổi khí hậu và dịch bệnh, cộng lại đã làm giảm một phần ba dân số Việt Nam (khoảng 800.000 người chết, từ 2.4 xuống 1.6 triệu, theo ước tính của Yumio Sakurai dựa trên nghiên cứu khai quật trên đồng bằng sông Hồng).[67][61] Chiến tranh cũng làm nảy sinh một tầng lớp nho sĩ mới, cạnh tranh với văn hóa Phật giáo truyền thống và sự cai trị của tầng lớp quý tộc.[68] Chính sự nhà Trần lọt vào tay Lê Quý Ly, người lúc này là nhân vật quyền lực nhất của Đại Việt sau chiến tranh. Tháng 2 năm 1400, Quý Ly lúc ấy đã 64 tuổi, bức vua Trần nhường ngôi, tự lập làm vua, quốc hiệu Đại Ngu, đổi thành họ Hồ.[69][70]

Tại Chiêm Thành, sau khi quay trở về Đồ Bàn, La Khải tiếm xưng vương hiệu và chịu triều cống nhà Trần trở lại. Năm 1391, La Khải sai sứ sang xin nhà Minh thừa nhận nhưng Minh Thái Tổ từ chối.[‡ 34][71][72][73] Chính sách cai trị khắt khe của La Khải gây bất mãn trong nước. Vây cánh của Chế Bồng Nga đều bị La Khải thay bằng những tướng sĩ thân tín, con trai của Chế Bồng Nga tên Chế Ma Nô Đà Nan cùng em là Chế San Nô sợ bị ám hại đã chạy qua Đại Việt xin tị nạn.[4] Cả hai được nhà Trần phong tước Hiệu chính hầu. Năm 1397, một tướng Chiêm Thành tên Chế Đà Biệt, em là Mộ Hoa, con là Gia Diếp cùng toàn thể gia quyến sang Đại Việt tị nạn. Chế Đà Biệt được Lê Quý Ly giao trọng trách bảo vệ biên giới phía nam của Đại Việt đề phòng những cuộc tấn công mới của quân Chiêm Thành.[‡ 35]

Các vùng đất dưới ảnh hưởng Chiêm Thành đều được Lê Quý Ly thu hồi sau cái chết của Chế Bồng Nga. Lê Quý Ly đã tấn công vào vùng đất Cổ Lũy, Quảng Ngãi, ngày nay. Theo Biên Niên Sử Hoàng gia Chăm (1835), thủ đô Bal Angwei đã thất thủ vào năm 1397 và dân tị nạn đổ vào Bal Panrang. Sau trận chiến năm 1400 một bộ phận nhà nước Chiêm Thành được khôi phục (vương triều Vijaya). Sau khi Lê Lợi đuổi quân Minh ra khỏi, vương triều Panrang cũng được khôi phục năm 1433. Sau khi thành Đồ Bàn thất thủ, vương triều Panrang đã thừa kế vương quốc Chiêm Thành cho đến năm 1832.[74]

Hai thổ hào trung thành với nhà Trần là Phạm Thế Căng và Phan Mãnh mang dân quy thuận triều đình trong lúc chiến loạn, được ban thưởng. Nhiều thổ hào ở Nghệ An, Tân Bình, Thuận Hóa và các tướng từng theo Chiêm Thành đều bị hạ lệnh bắt để trị tội như Trần Nguyên Đĩnh, Trần Tông, Nguyễn Động, Nguyễn Doãn, Hoàng Khoa. Nguyên Đĩnh và Trần Tông nhảy xuống sông tự vẫn.[‡ 36] Một gia nô của Trần Tông là Trần Khang trốn sang Lào, đổi tên là Thiêm Bình, đến thời nhà Hồ mạo xưng là con của Trần Nghệ Tông, chạy sang Trung Quốc cầu viện nhà Minh, là một nguyên nhân dẫn đến cuộc xâm lăng nước Việt của nhà Minh.[75][5] Đại Ngu của Hồ Quý Ly, không nhận được sự ủng hộ của dân chúng, đã bị sụp đổ và chịu khuất phục trước đội quân hơn 200 nghìn người của nhà Minh, trang bị vũ khí tiên tiến nhất vào thời điểm đó. Đây có thể nói là một trong những cuộc chiến tranh quan trọng nhất vào hậu kỳ Trung Cổ.[5] Người Trung Quốc sau đó sáp nhập Đại Ngu vào lãnh thổ nhà Minh và đổi tên vùng đất này thành Giao Chỉ.[76][77]